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Die Bandbreite der errechneten Kosten für CCS in den derzeit vorliegenden  Publikationen ist sehr groß; zu viele Unbekannte erschweren die Prognosen, da es noch keine Anlagen in großindustriellem Maßstab gibt. Faktoren, die den endgültigen Preis der Technologie bestimmen werden, sind neben den Entwicklungs- und Investitionskosten für die CO₂-Abscheidungstechnologien unter anderem der Markt für fossile Rohstoffe, Entfernung zwischen Kraftwerk und CO₂-Lagerstätte, Kosten für die CO₂-Verdichtung zum Pipeline-Transport, die CO₂-Speicherung und das Monitoring sowie Haftungsfragen. Darüber hinaus wird der Preis der CO₂-Emissionszertifikate eine zentrale Rolle spielen, und möglicherweise kommen weitere heute noch nicht quantifizierbare Faktoren hinzu. Die Berechnungen unterscheiden sich erheblich, schon abhängig davon, ob als Einheit vermiedenes oder abgeschiedenes CO₂ zu Grunde gelegt wird.

Unbestritten ist, dass die hohen Kosten für CCS im derzeitigen Anfangsstadium mit weiterer Einführung der Technik sinken werden. Eine McKinsey-Studie (Assessing the economics, 2008) beziffert die Kosten der Demonstrationsanlagen auf 60 bis 90 Euro je vermiedener Tonne CO₂, auf 30 bis 45 Euro im Fall einer großflächigen Verbreitung der Technik und entsprechender Innovationen und Lerneffekte. Die Autoren der RECCS-Studie unter Federführung des Wuppertal Instituts gehen jedoch davon aus, dass dieser Effekt, den sie ohnehin geringer einschätzen (nicht unter 40 Euro/t) durch Preissteigerungen bei den fossilen Brennstoffen überlagert wird.

Ob sich Carbon Capture and Storage aus betriebswirtschaftlicher Sicht rechnen kann, ist noch unklar. Ein relevantes Instrument des Marktes ist der Handel mit Emissionsrechten. Das Umweltbundesamt fordert, dass Kraftwerkbetreiber für die Gesamtmenge an produziertem CO₂ Emissionsberechtigungen abgeben müssten und im Gegenzug Gutschriften nur für dauerhaft sicher gelagertes Kohlendioxid bekommen.

Wegen der hohen Entwicklungs- und Investitionskosten für CCS fordern die Kraftwerkbetreiber Unterstützung durch Bund und EU.